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埃德曼降解法

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Edman降解埃德曼降解,英語:Edman degradation),也根據所使用試劑而被稱為「PTC法」或「PTH法」,是肽鏈蛋白質中N-端氨基酸序列分析方法之一。由菲爾·埃德曼(Pehr Edman)首先創立。[1]

機理

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埃德曼降解(Edman degradation)的機理。
埃德曼降解(Edman degradation)的機理。

異硫氰酸苯酯(Phenylisothiocyanate, 縮寫:PITC)與待分析多肽的N-端氨基在鹼性條件下反應,生成苯硫脲(PTC)的衍生物,於酸性條件之下生成五元環,肽鏈N-端被選擇性地切斷,得到N-端氨基酸殘基的噻唑啉酮苯胺衍生物。接着用有機溶劑將該衍生物萃取出來,酸作用下,該衍生物不穩定,會繼續反應,形成一個穩定的苯基乙內酰硫脲(PTH)衍生物。餘下肽鏈中的酰胺鍵不受影響。通過用HPLC電泳法分析生成的苯乙內酰硫脲(PTH-氨基酸),可以鑑定出是哪一個氨基酸。每反應一次,結果是得到一個去掉N-端氨基酸殘基的多肽,剩下的肽鏈可以進入下一個循環,繼續發生降解。

在1967年就出現了實現根據此原理設計的自動化儀器。[2]利用自動分析儀進行分析時,能夠可靠地測定肽鏈的30個左右氨基酸殘基序列,最多可以分析50-60個氨基酸殘基。在最好的條件下,每形成一次PTH-氨基酸,效率可保持在99%以上。而且此法用量少,一般只用10-100摩爾的多肽即可測定氨基酸序列。對於肽鏈較長的多肽,可以先將肽鏈切斷成多個小肽,對這些小肽進行氨基酸分析,然後將這些資訊拼接起來,得到起始肽鏈中的氨基酸序列。

限制

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由於Edman降解是以化學試劑對N-端氨基的修飾為基礎的,因此當N-端被其他化學基團所封閉時,就需要先去除這些基團,然後才能進行測序。此外,蛋白質中含有半胱氨酸殘基時,有時兩個半胱氨酸殘基會發生二硫鍵交聯。這種情況下,需要先用過酸將二硫鍵氧化為–SO3H,然後才能用Edman降解測測序列。

另外,由於所有反應都在封閉或體外的環境之下,勢必會達到平衡,因此若在第一個試管裏加入PITC,它會和試管內的第一個氨基酸的N-端氨基結合,可是由於平衡原理:PITC + 一段氨基酸序列 = PITC-氨基酸 + 少了第一個氨基酸的氨基酸序列,因此在第一個試管裏會同時存在沒有結合PITC和有結合PITC的氨基酸序列,這會導致我們將第一管有PITC-氨基酸的物質分離後,繼續在第二個試管裏加入PITC,則此時第二個試管裏會含有少量的PITC-氨基酸(1)和多量的PITC-氨基酸(2)。這時候我們可以利用聯用質譜法(Tandem mass spectrometry頁面存檔備份,存於互聯網檔案館))等技術來分析,若分析後發現量多者為PITC-氨基酸(2),量少者則為PITC-氨基酸(1),因此我們就解決了反應不完全的問題。而另外一個問題也隨之衍生,一旦我們不停地重複此步驟,得到氨基酸的序列時,一直到約第50個試管開始,就會發現所以氨基酸的量經分析後都會變得幾乎一樣,這樣我們就沒有辦法可以知道氨基酸的序列。這也就是為什麼我們需要先將一段大於50個氨基酸的序列用水解酶給進行切割,讓所有片段的氨基酸序列小於50,這樣我們才可以得到比較準確的氨基酸序列。

參見

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參考資料

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  1. ^ Edman, Pehr; Högfeldt, Erik; Sillén, Lars Gunnar; Kinell, Per-Olof. Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides.. Acta Chemica Scandinavica. 1950, 4: 283–293. ISSN 0904-213X. doi:10.3891/acta.chem.scand.04-0283. 
  2. ^ Edman, P.; Begg, G. A Protein Sequenator. European Journal of Biochemistry. 1967, 1 (1): 80–91. ISSN 0014-2956. doi:10.1111/j.1432-1033.1967.tb00047.x.